Im Laufe der Jahrhunderte wurde die Kirche insgesamt fünfmal umgebaut. Ihr endgültiges Aussehen im barocken Stil erhielt sie im Jahre 1720 unter dem italienischen Baumeister Domenico Magazini, der mit der Innenausstattung die berühmten Gebrüder Asam beauftragte. Erstmalig im bayerischen Raum
malte Cosmas Damian Asam hier ein jochüberspannendes
Fresko auf eine Langhausdecke. Stuckaturen von Egid Quirin Asam im Stil des beginnenden Rokokos zeigen Nachwirkungen des italienischen Barock. Die unvergleichlich opulente Ausgestaltung des Kirchenraums wurde bisher nicht restauriert und ist somit im Originalzustand erhalten.
Die Deckenfresken stellen die Kirchenfeste im Jahreslauf dar mit der hervorgehobenen Rolle Marias im Erlösungswerk als Hauptthema. Im Westen beginnt die Erzählung mit Maria
Verkündigung, im Osten folgt die Auferstehung Christi. Zentrales Element ist jedoch das sich über drei Joche erstreckende Fresko
im Mittelschiff, das die Geburt Christi mit den betenden Hirten zeigt. Der prunkvolle Hochaltar mit seinem baldachinartigen
Aufbau auf gewundenen Doppelsäulen bildet den Höhepunkt des Saales – ein unvergleichliches Meisterwerk barocker Kunst.
Von den 400 Engeln aus Stuck oder Holz, die sich im Kirchenschiff befinden, bilden im oberen Bereich des Hochaltars alleine 88 den Strahlenkranz um die Trinität.
Im Zuge der Säkularisation im Jahre 1803 sollte die Marienkirche abgerissen werden. Die Einrichtung wurde billig verkauft, verschiedenstes Interieur in das benachbarte
Vilshofen gebracht und die Kirche zeitweise als Pferdestall benutzt. Mit der Erhebung zur Pfarrkirche im Jahre 1806 wurde die Kirche dann aber gerettet. Beachtlich ist der 68 Meter hohe Kirchturm, welcher 1410 erbaut wurde und seit 1755 in seiner heutigen Form das gesamte Klosterareal überragt. Sehenswert ist auch die unmittelbar neben Maria Himmelfahrt erbaute Portenkirche mit ihrem von Heiligenfiguren geschmückten
Vorplatz. Portenkirchen wurden in alten Zisterzienserklöstern am Tor zum Kloster, der porta, errichtet. Dort wurde für die
Frauen, die weltlichen Bediensteten und die Menschen aus der Umgebung die hl. Messe gefeiert.
Aufgrund der laufenden Innensanierung ist die Kirche derzeit geschlossen; im Frühjahr 2025 soll sie dann aber wieder zur Besichtigung freigegeben werden.